TRAF1-C5 jako locus ryzyka dla reumatoidalnego zapalenia stawów – badanie genomewidu ad 6

Było kilka innych regionów o pośrednich poziomach istotności (między P> 5 x 10-8 i P <1 x 10-4), które zawierały geny kandydujące o znanym znaczeniu biologicznym dla reumatoidalnego zapalenia stawów, w tym CD40 (P = 3 x 10-6). ), receptor bradykininowy (BDKR1) (P = x 10-5) i klaster genów chemokin 17q zawierający CCL1, CCL8 i CCL13 (P = 4 x 10-5). Te SNP wymagają dalszych badań w celu ustalenia, które, jeśli w ogóle, mogą reprezentować prawdziwe powiązania z reumatoidalnym zapaleniem stawów anty-CCP. Pełną listę wszystkich SNP o P <1 × 10-4 można znaleźć w Tabeli Dodatku Uzupełniającego. Replikacja SNP znacznika Haplotypu znacznika TRAF1-C5
Tabela 2. Tabela 2. Wyniki analizy Stowarzyszenia Case-Control dla dziewięciu SNP znaczników TRAF1-C5 we wszystkich próbkach NARAC i EIRA. Ryc. 2. Ryc. 2. Wyniki asocjacji Case-Control i struktura dylematu sprzężonego w locus TRAF1-C5. Panel A pokazuje wyniki dla SNP genotypowanych na Mb jako część oryginalnego skanowania asocjacji genomewidu w próbkach od 1522 osób z rozpoznaniem reumatoidalnego zapalenia stawów z anty-CCP i 1850 osobników kontrolnych. Każdy diament wskazuje na genotypowany SNP; kolor każdego diamentu jest oparty na współczynniku korelacji (r2) z CEU HapMap z najbardziej znaczącym SNP w naszym badaniu (rs3761847). Niebieski diament wskazuje wartość P dla wszystkich próbek w naszym badaniu (oryginalny skan plus próbki replikacji), jak określono metodą Cochrana-Mantela-Haenszela zarówno w próbkach NARAC, jak i EIRA. Współczynnik rekombinacji (w centymorgansach na megabazę) z CEU HapMap jest zaznaczony na niebiesko wzdłuż osi x; czerwona strzałka wskazuje blok nierównowagi powiązania pokazany w panelu B. Niebieskie strzałki wskazują lokalizację genu. Panel B pokazuje strukturę łączenia-nierównowagi (LD) na 200 kb locus TRAF1-C5, w oparciu o parowanie r2 z HapMap CEU. Struktura intron-ekson każdego genu znajduje się na górze figury. Domniemane funkcjonalne SNP w nierównowadze sprzężeń z rs3761847 lub rs2900180 są oznaczone kreskowanymi kreskami, w których kolor czerwony wskazuje r2> 0,80, a kolor różowy wskazuje r2 = 0,20 do 0,80; specyficzne SNP, częstotliwość, parowanie r2 z CEU HapMap i przypuszczalna funkcja z adnotacjami są wymienione na dole figury. CpG oznacza cytydynę i guanozynę połączone wiązaniem fosfodiestrowym.
Replikacja określonego modelu genetycznego w dodatkowych próbkach ma kluczowe znaczenie dla odróżnienia prawdziwych pozytywnych asocjacji od fluktuacji statystycznych. Chociaż połączony wynik NARAC-1 i EIRA-1 w TRAF1-C5 był wysoce znaczący (P = 2,8 × 10-8), genotypowaliśmy najsilniej związane SNP, oprócz tagów SNP w całym regionie, w niezależnym zestawie próbki od 485 osób, które otrzymały anty-CCP-dodatnie i 1282 osobników kontrolnych w NARAC-2 oraz od 568 osób z przypadkami anty-CCP-dodatnimi i 516 osobników kontrolnych w EIRA-2, w celu uzyskania dodatkowego wsparcia dla naszego odkrycia, jak również wykonania drobnych mapowanie allelu przyczynowego. Podsumowanie wyników replikacji dla dziewięciu SNP, które wychwytują haplotypy w TRAF1-C5 (hPlotypowe znaczniki SNP) przedstawiono w Tabeli 2. Te dziewięć tagów SNP przechwytuje 74 z 76 (97%) popularnych SNP HAPMap CEU na 100 kb blok sprzężenia nierównowagi, który obejmuje geny TRAF1 i C5, a także inny gen, PHF19 (Figura 2).
Najbardziej znaczący wynik ze skanowania genomu w rs3761847 był znaczący w próbkach NARAC-2 pod tym samym modelem genetycznym (P = × 10-5), przy ilorazie szans 1,37 (95% CI, 1,18 do 1,58) i wykazały nieistotny trend w kierunku związku w próbkach replikacji EIRA-2, z ilorazem szans 1,11 (95% CI, 0,93 do 1,32)
[podobne: wyszukiwarka skierowań sanatoryjnych, leki osłonowe na żołądek, bonder piaseczno ]